Distiller peut être configuré de façon à rechercher les fichiers PostScript dans des dossiers spécifiques appelés dossiers de contrôle. Distiller peut surveiller jusqu'à 100 dossiers de contrôle. Lorsqu'il détecte un fichier PostScript dans le dossier In du dossier de contrôle, Distiller convertit ce fichier au format PDF puis place le document PDF résultant (et, en général, le fichier PostScript et tout fichier journal associé) dans le dossier Out. Un dossier de contrôle peut être doté de ses propres paramètres Adobe PDF et de protection de document. Ces paramètres s'appliquent à tous les fichiers convertis à partir de ce dossier. Les paramètres de protection d'un dossier de contrôle ont priorité sur celles de Distiller. Par exemple, Distiller ne convertit pas un fichier PostScript placé dans un dossier de contrôle si ce fichier est en lecture seule.
(Windows) Chaque utilisateur dispose de ses propres paramètres et préférences. Dans le cas des systèmes non NFTS, les fichiers de paramètres personnalisés stockés dans le dossier Settings sont accessibles en lecture et en écriture à tous les utilisateurs du système. Sur un système NTFS, les seuls fichiers accessibles en lecture et en écriture sont ceux que chaque utilisateur a créés. Les fichiers de paramètres créés par d'autres sont en lecture seule. (Les fichiers de paramètres installés par défaut avec Distiller sont en lecture seule et cachés.)
(Mac OS) Les paramètres et préférences de Distiller associés à chaque utilisateur ne sont généralement pas accessibles aux autres. Pour partager un dossier de contrôle avec des tiers, l’auteur du dossier de contrôle doit définir les droits appropriés concernant les dossiers In et Out. Les utilisateurs sont alors en mesure de copier des fichiers dans le dossier In et d'en chercher dans le dossier Out. Pour ce faire, l'auteur doit préalablement ouvrir une session sur le système et exécuter Distiller. Les autres utilisateurs doivent ouvrir une session à distance afin d'accéder au dossier de contrôle en direct et de traiter leurs fichiers.