Sie können Distiller so konfigurieren, dass in bestimmten Ordnern, die als überwachte Ordner bezeichnet werden, nach PostScript-Dateien gesucht wird. Distiller kann bis zu 100 Ordner überwachen. Wird im Eingangsordner (Ordner „In“) eines überwachten Ordners eine PostScript-Datei gefunden, wird die Datei in eine PDF-Datei konvertiert und (gewöhnlich zusammen mit der PostScript-Datei und der zugehörigen Protokolldatei) in den Ausgangsordner (Out) verschoben. Überwachte Ordner können über eigene Adobe PDF- und Sicherheitseinstellungen verfügen, die für alle im jeweiligen Ordner verarbeiteten Dateien gelten. Die Sicherheitseinstellungen eines überwachten Ordners haben Vorrang vor den in Distiller festgelegten Sicherheitseinstellungen. So konvertiert Distiller beispielsweise keine schreibgeschützten PostScript-Dateien in einem überwachten Ordner.
(Windows) Einstellungen und Grundeinstellungen sind benutzerspezifisch. Auf Nicht-NTFS-Systemen können alle Systembenutzer die in diesem Ordner gespeicherten benutzerspezifischen Einstellungsdateien öffnen und bearbeiten. Auf NTFS-Systemen kann nur der jeweilige Benutzer seine eigenen Dateien ändern. Die Einstellungsdateien anderer Benutzer sind schreibgeschützt. (Die mit Distiller installierten standardmäßigen Einstellungsdateien sind schreibgeschützt und verborgen.)
(Mac OS) Andere Benutzer können für gewöhnlich nicht auf die benutzerdefinierten Distiller-Einstellungen und -Grundeinstellungen zugreifen. Um einen überwachten Ordner gemeinsam mit anderen Benutzern verwenden zu können, muss der Ersteller des überwachten Ordners die entsprechenden Berechtigungen für die Ordner „In“ und „Out“ festlegen. Hierdurch wird anderen Benutzern ermöglicht, Dateien in den Ordner „In“ zu kopieren und aus dem Ordner „Out“ zu entnehmen. Der Ersteller muss im System angemeldet sein und Distiller ausführen. Die anderen Benutzer müssen eine Fernanmeldung durchführen, um auf den überwachten Ordner zugreifen und ihre Dateien zur Verarbeitung dort ablegen zu können.