Du kan fjerne filer, du ikke selv har tjekket ud, fra din lokale projektmappe, hvis du f.eks. vil frigøre plads på harddisken. Filer, som er tjekket ind og gemt på Version Cue-serveren, påvirkes ikke af, at lokale projektfiler fjernes. Version Cue opretter nye lokale projektfiler, næste gang du synkroniserer projektet.
Afbrydelse af forbindelsen til et projekt fjerner også lokale projektfiler. Kommandoen Afbryd forbindelse fjerner dog også genveje til projektet fra Bridge og dialogboksen Adobe.