Sie können den Inhalt eines PDF-Dokuments mit Ebenen mit dem Auswahl-Werkzeug oder Schnappschuss-Werkzeug auswählen oder kopieren. Sie können Inhalt mit einem TouchUp-Werkzeug bearbeiten. Diese Werkzeuge erkennen und wählen sichtbaren Inhalt aus. Hierbei ist es unerheblich, ob der Inhalt sich auf einer ausgewählten Ebene befindet.
Ist der Inhalt, den Sie bearbeiten bzw. löschen, mit einer Ebene verbunden, spiegelt der Inhalt der Ebene die Änderung wider. Ist der Inhalt, den Sie bearbeiten bzw. löschen, mit mehreren Ebenen verbunden, spiegelt der Inhalt aller Ebenen die Änderung wider. Wenn Sie beispielsweise den Titel und den Namen des Verfassers, die in derselben Zeile auf der ersten Seite eines Dokuments erscheinen, ändern möchten, sich Titel und Verfassername aber auf zwei verschiedenen sichtbaren Ebenen befinden, wird durch Bearbeiten des Inhalts einer Ebene der Inhalt auf beiden Ebenen geändert.
Sie können Dokumenten mit Ebenen wie jedem anderen PDF-Dokument auch Inhalt wie Kommentare, Stempel oder Formularfelder hinzufügen. Der Inhalt wird hierbei jedoch nicht einer bestimmten Ebene hinzugefügt, auch wenn die Ebene beim Hinzufügen des Inhalts ausgewählt ist. Stattdessen wird der Inhalt dem gesamten Dokument hinzugefügt.
Über den Befehl „PDF erstellen - Aus mehreren Dateien“ können Adobe PDF-Dokumente, die Ebenen enthalten, zusammengefügt werden. Die Ebenen jedes Dokuments werden unter einer eigenen Überschrift im Fenster „Ebenen“ des Navigationsfensters gruppiert. Sie erweitern und reduzieren die Gruppe, indem Sie auf das Symbol in der Titelleiste der Gruppe klicken.